США, 2019 год
Все началось с того, как из тюрьмы Райкер сбежала группа суперзлодеев. Команда супергероев Новые Воины, ведущая прямой репортаж с места событий, напала на дом, в котором скрывались преступники. К несчастью, Воины преследовали лишь одну цель - повысить рейтинги своего шоу на телевидении, - что обернулось кошмаром. После непродолжительного сражения Нитро - один из злодеев - создал взрыв, который уничтожил все на несколько миль вокруг. В результате взрыва погибли несколько сотен людей, среди которых полсотни учеников средней школы, оказавшейся неподалеку.
Шокированная этим событием общественность потребовала от правительства принятия каких-либо мер по отношению к мутантам и людям со способностями. И пока власти медлили с вердиктом, многие люди начали устраивать самосуд, отлавливая суперлюдей и вымещая на них свою злобу.
Дабы прекратить прочие беспорядки, правительство вынесло решение - провести регистрацию всех сверхлюдей. Они должны будут раскрыть свои личности, пройти обучение как федеральные агенты и работать на правительство. Прошедшие регистрацию супергерои все также могли помогать людям и спасать этот мир, но под контролем государства.

Сюжет игры начинается со дня принятия Закона о регистрации сверхлюдей - 12 марта 2019 года.